有一次,韦昌辉的哥哥与杨秀清的妾兄争夺住宅,杨秀清徇私枉法,袒护妾兄,要杀韦昌辉的哥哥,又要韦昌辉自己给哥哥定罪。韦昌辉心中对杨秀清的做法极为愤恨,但表面上仍是迎合杨秀清,甚至扬言要给自己的哥哥处以五马分尸的酷刑,并说只有这样做,才能起到警示的作用,实际上他暗地里却寻找机会报仇。
韦昌辉派人到天京禀报天王洪秀全,洪秀全乘机向韦昌辉发出密诰,说自己受东王逼迫,危在旦夕,让韦昌辉来京救驾。韦昌辉接到密诰,立即与秦日纲回京诛杨。秦日纲平日对杨秀清也极为不满,便随韦昌辉深夜回到天京,封锁天京的交通要道,包围了东王府。杨秀清当时本已睡觉,突然听到外面的打斗声,吓得赶紧躲起来,最后被找到并捆了带走。韦昌辉冲进东王府,将杨秀清和他的全家老小全都杀死,杨秀清的许多部下也都被杀害。一想到自己的亲哥哥被杨秀清五马分尸,韦昌辉就愤怒无比,连夜押杨秀清去天王府见洪秀全。
但洪秀全听说韦昌辉的所作所为,心想这又是一个心狠手辣的家伙,要是把他扶正到杨秀清的地位,恐怕以后也是专横难制,于是便想赦免杨秀清,以便自己从中操控。韦昌辉见洪秀全出尔反尔,十分愤怒,立刻让人杀了杨秀清。洪秀全知道此事后,下诏说韦昌辉不应该滥杀无辜;韦昌辉这才发现自己是被洪秀全当枪使了,郁闷至极。由于得不到天王的支持,韦昌辉担心杨秀清的余党会报复,设了一个计谋,声称投诚可以赦免一死。受此大变,杨秀清的余党群龙无首,其部下诚惶诚恐,前去投诚,结果被韦昌辉的精兵一网打尽,杀得遍地流血。随后,韦昌辉下令关闭城门,捉拿杨秀清剩余的党羽。在这半个多月里,天京城内,血雨腥风,近两万革命精英,一时被屠杀殆尽,惨不忍睹。